Non credo ci sia una particolare motivazione. Bisognerebbe vedere nel contesto del metodo. Gli accordi in SOL e in FA li ha disposti precisamente nello stesso modo, infatti quelli in FA sono precisamente un tono sotto rispetto a quelli in SOL. Riguardo quelli in DO, per disporli nello stesso modo, avrebbe dovuto scrivere FA SOL SI (letto dal basso verso l'alto) nella prima battuta, e SI FA SOL nella seconda.
Comunque, effettivamente, volendo ipotizzare un secondo rivolto di una quadriade, abbiamo la quinta dell'accordo al basso, quindi non è possibile ometterla. Volendo rimanere con solo 3 voci, e dovendo quindi scegliere cosa eliminare, l'unica scelta possibile è rimuovere la terza: se rimuovessimo la fondamentale, otterremmo RE FA SI, che non è un V7 di DO, ma piuttosto un primo rivolto dell'accordo costruito sul VII grado (SI RE FA); se rimuovessimo invece la settima, otterremmo RE SOL SI, che è un secondo rivolto dell'accordo di triade costruito sul V (SOL SI RE), in altre parole non è più una quadriade a quel punto (per renderla quadriade però si potrebbe anche inserire la settima in un'altra mano o in un altro strumento, a dirla proprio tutta). Di conseguenza, l'unica nota che possiamo rimuovere nel secondo rivolto del V7 che mantiene l'accordo sempre riconoscibile è proprio la terza.