Io fossi in te lascerei perdere per il momento il metronomo.
Mi sembra di capire che il problema sia che la sinistra non sta al passo con la destra (cosa assai frequente e naturale) perciò bisogna prima mettere a posto quello.
Prova a suonare un pò di volte la scala ascendente e quella discendente in maniera separata. Cioè: parti dal DO e arrivi al SOL, ti fermi, poi parti dal SOL e arrivi al DO e così via.
Devi fare attenzione che le mani siano perfettamente sincronizzate soprattutto al punto d'arrivo.
Quanti ti senti più sicuro li metti insieme: DO>SOL>DO, ti fermi e poi riparti.
Quando senti sicuro anche questo step rifai le scale in loop come se ripetessi quella battuta all'infinito.
Attenzione! Il movimento dev'essere naturale, quindi se senti dolore ti fermi. Se senti che è troppo veloce rallenti (la velocità arriverà dopo).