Dipende... Non è facile consigliare un solo libro, ogni libro ha i suoi pregi e difetti, e generalmente, più pregi ha, più è lungo e complesso. Di analisi musicale te ne consiglio due:
Guida all'analisi musicale di Nicholas Cook;
Analisi musicale di Ian Bent e William Drabkin.
Di solito non si studiano per intero.
Di contrappunto invece, personalmente mi sono trovato bene con la chiara e sintetica spiegazione che si trova nel libro
Elementi di musica corale di Bruno Mazzotta, e allo stesso modo ho trovato interessante e in qualche modo utile la dettagliatissima spiegazione che si trova nel libro
Contrappunto e composizione di Felix Salzer e Carl Schachter. L'unico problema di entrambi i libri, è che sono, in certo senso, incompleti: il primo arriva fino al contrappunto a 4 voci fiorito in 3 voci, il secondo si ferma praticamente al contrappunto fiorito a 3 voci fiorito in una sola voce. Un altro libro che vale la pena citare, pur avendo lo stesso problema, è il
Compendio di regole per il contrappunto di Charles Koechlin. Comunque, non posso far altro che consigliare l'ormai classico
Trattato di contrappunto e fuga di Theodore Dubois, che pur datato, tratta questa materia in maniera davvero completa, con un grande numero di esempi, battuto solo dal trattato di François Bazin, il
Cours de Contre-Point Théorique et Pratique (almeno tra quelli ancora più o meno utilizzabili che conosco), il quale è però ancora più datato e si trova solo in francese (e non tratta la fuga pur essendo più lungo).
Qui trovi ancora altri libri che trattano il contrappunto, ma non li conosco tutti.